primer premier 6.0(引物设计软件)

primer premier 6.0是生物科学领域的常用软件之一，能够以多种方式帮助用户进行基因分析，其中包括引物设计、同源性分析等等，同时操作起来也比较方便。

软件介绍

加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计和评估程序。其包含序列编辑窗口、引物设计窗口、酶切分析窗口和纹基分析窗口四个界面窗口，其分别为用户提供引物设计、限制性内切酶位点分析和DNA基元查找和同源性分析功能。primer premier还可针对面板DNA的来源以相应的遗传密码规则转换DNA和氨基酸序列，它给出了八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择，例如纤毛虫大核、无脊椎动物线粒体和支原体等。

激活说明

1、安装完成之后，将crack文件夹中的“patcher.jar”复制到程序安装目录中：

Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600

2、按“windows+R”，输入cmd，打开dos系统

3、输入d: 回车

4、然后输入（鼠标右键粘贴，这里根据安装的盘符以及安装路径进行改变，前面的“cd”不变）

cd D:\Program Files\Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600 回车

5、再输入“java -jar patcher.jar”回车，显示“done”则表示成功

特色说明

1、具有优秀的引物自动搜索功能，同时可进行部分指标的分析，而且容易使用，已被引物设计行业人士认为是一款相当不错的软件。

2、主要功能分四种，即引物设计、限制性内切酶位点分析、DNA 基元(motif)查找和同源性分析功能。前三种为其主要功能。此外，该软件还有一些特殊功能，其中最重要的是设计简并引物，另外还有序列"朗读"、DNA 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。

3、可以针对模板DNA 的来源以相应的遗传密码规则转换DNA 和氨基酸序列。软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择，有纤毛虫大核（Ciliate Macronuclear）、无脊椎动物线粒体（Invertebrate Mitochondrion）、支原体（Mycoplasma）、植物线粒体（Plant Mitochondrion）、原生动物线粒体（Protozoan Mitochondrion）、一般标准（Standard）、脊椎动物线粒体（Vertebrate Mito-chondrion）和酵母线粒体（Yeast Mitochondrion）。

如何使用

1、开始引物设计，这就需要知道基因序列。一般用NCBI查找，比如要设计rat的CK18 mRNA检测引物。首先选择Nucleotide，然后在搜索栏输入rat CK18，结果如下。

2、我们要找mRNA，所以选第一个，点进去后拉到最后的ORIGIN就能找到基因序列，把这段序列复制到软件中进行引物设计。

3、点这个搜索，出现下面对话框，这里可以选择引物在序列哪些地方设计引物，一般不用更改，也就是引物可以设计在整个序列，当然也可以事先查一下序列有几个区，一般引物会跨两个区。

4、设置退火温度、引物长度、产物长度等，点旁边的“Primer Parameters”。主要更改的也就是产物长度，100到300bp为宜，产物太大，会影响扩增效率。