chromas测序分析软件

chromas软件能够方便地进行基因序列的查看以及分析，操作容易，支持多种格式的图谱文件，能够进行智能化的数据整理，帮助用户进行格式的转换，尤其适合医学行业的新手进行使用。

chromas介绍

DNA测序分析软件，使用这款软件可以方便用户对DNA的峰形图进行查看和编辑操作，软件支持ab1、scf以及ztr格式的图谱文件，并支持自动删除低质量序列（当质量数据可用时）或矢量序列，除此之外，软件还可以按照FASTA，FASTQ，EMBL，GenBank或GCG格式、文本格式来导出。

功能说明

将重叠序列组装一致，自动显示含糊不清的序列并编辑。

用高质量数据自动消除低质量序列并提高序列集合。

以应用生物系统、Staden色谱图(SCF)、MegaBace (esd)、FASTA、EMBL、GenBank、SwissProt,、GenPept、GCG RSF和纯文本格式打开和保存序列。

染色体图开放阅读框，借助G+C框架图，点击一下即可翻译ORFs。

查看检测基因型文件。

生成限制位点和片段图，并且列举切割、无切割和片段。

通过ClustalW的界面执行多序列。

打印色谱图，限制位点和片段图，并且打开阅读框架图。

执行核苷和蛋白质BLAST，通过NCBI网站搜索。

当编辑核苷酸系列时显示翻译。

执行反向翻译和标出核苷酸退化。

逆向&补充序列和色谱图。

通过准确匹配或最佳队列搜索序列。

复制色谱图截面的图形粘贴到文档或演示文件中。

划分蛋白质的亲水性和抗原性。

chromas使用教程

1、选择File菜单打开一个序列文件，或者直接通过Open打开。

2、一般测序中一个反应大概能测的长度为800左右，由于荧光染料的干扰和机器性能，测序结果在最开始和最后面的时候有几十个碱基不准确，如下图中红框的部分。评判测序结果的时候可以忽略前50个和后50个碱基。

3、我们通过工具栏的缩放工具，可以放大或者缩小整个视图，可以看出，不同碱基对应不同的颜色。

4、通过工具栏的“Find'工具，可以查找某个序列。

5、通过“File”菜单栏的Blast Search可以直接连接在线数据库，将序列进行Blast，省去了我们打开NCBI等数据库然后复制序列再比对的麻烦。点击OK之后，然后点击“View report”即可。

6、Chromas还自带序列翻译蛋白质功能，点击“Options->Show Translations->All”显示三条蛋白质翻译序列。这里之所以显示三条，是因为Chromas不知道你的序列翻译的起始位点，所以如果你的序列是cDNA序列，那么这三条蛋白质序列中总有一条是你想要的，这在我们做蛋白质点突变的时候非常有用。当然如果你的是启动子等其他序列，这个功能是多余的。

7、我们可以将序列导出，并且可以设置导出的间隔、分行、以及是否显示序号。

8、当然可能会有同学想说，如果我想把测序峰图放在文章中，我该怎么弄Chromas没有存储为图片的选项，这时可能有同学就想用截图了，这里Chromas可以存储为PDF格式，在“File”里面选择Print 预览，然后选择PDF即可。

dna序列分析的基本原理

使用链终止剂，类似于正常dNTP的2,3-双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)，将延伸的DNA链特异性地终止。其反应体系也包括单链模板、引物、4种dNTP和DNA聚合酶。共分四组，每组按一定比例加入一种 (ddNTP)，它能随机渗入合成的DNA链，一旦渗入合成即终止，于是各种不同大小片段的末端核苷酸必定为该种核苷酸，可以从放射自显影带上直接阅读DNA的核苷酸序列。